1963年3月21日、アルカトラズ島の世にも有名な刑務所は閉鎖され、受刑者達は他の刑務所に移された。しかし、それは表向きのことで実際は閉鎖される前夜、受刑者・看守消失事件が起こった。受刑者256名+看守46名、総数302名が忽然と消えたのだ。 そして、50年の時を越えて当時の姿のまま彼らは何故か1人ずつ帰還しては凄惨な事件を引き起こす。かくして63年組(受刑者+看守)+黒幕vsレベッカらの戦いの火蓋は切られた。63年組の捕縛および謎の解明、彼らを地下に建設した"現代のアルカトラズ"収監を任務とするサウザー率いるFBIの特殊部門であるレベッカらの道のりは険しく遠い。