人類は異種族間での平和的な外交関係を構築するために「バビロンプロジェクト」を立ち上げ、外交的に最も中立が保てるような星系に大型の宇宙ステーションを建設しようとする。 破壊工作や原因不明の消滅などのさまざまな理由により最初の4つの宇宙ステーション(「バビロン1」から「バビロン4」)は失ってしまったが、ついに「バビロン5」が建造され、外交の場として提供できるようになった。 この物語は、その最後のバビロンステーションを舞台とし、5大種族の思惑や交流、超古代種族たちの暗躍により、さまざまな事件や軍事的対立関係に陥りつつも、地球人類が他の種族と平和な世界を構築していく物語である。