世界29都市の上空に巨大な宇宙船が出現し、そして地球外生命「ビジター」の美しくカリスマ性のあるリーダーのアナは平和的交流を提案した。ビジターたちは地球のわずかな資源を必要とするだけであると主張し、それと引き換えに彼らの高度な技術や医学知識の共有を提案した。やがて一部の人間たちは表面上友好を装うビジターたちを疑い始め、そしてFBIテロ対策エージェントのエリカ・エバンスは、異星人が人間に化けているだけで実際には爬虫類型の生物であり、数十年にわたって地球の政府、経済、宗教に侵入しており、現在すでに地球占領計画の最終段階にあることを知る。エリカは元ビジターの潜伏スパイでありながらも人類側に寝返ったライアンらが所属するレジスタンス「第五部隊」に参加する。しかしながら彼らのレジスタンス活動は、ビジターがさまざまな病気を治して地球の人々から支持を得ているために難航し、そして皮肉にもエリカの息子のタイラーを含むビジター支持派の若者たちこそが最大の障害となるのだった。 しかし、一方でアナの娘リサがタイラーと親密になってエリカへ、そして「第五部隊」へと接近。ビジター側でも親子の対立が始まろうとしていた。